رئيس مجلس السيادة يمثل رمز الدولة السيادي.
رئيس مجلس السيادة هو القائد الأعلى للقوات المسلحة.
يعتمد مجلس السيادة أعضاء مجلس القضاء الأعلى.
يعتمد تعيين النائب العام ( ترشحه الحكومة المدنية).
يعتمد تعيين المراجع العام (ترشحه الحكومة المدنية).
يعتمد سفراء السودان بالخارج ( ترشحهم الحكومة المدنية).
للمجلس سلطة إعلان الحرب ( بناء على طلب من الحكومة المدنية).
يعتمد القوانين الصادرة من المجلس التشريعي وعلى الأحكام الصادرة بالإعدام من السلطة القضائية ( 67% من المجلس التشريعي لقوى إعلان الحرية والتغيير).
للمجلس سلطة إلغاء أو إسقاط العقوبات (وفق ما ينظمه القانون).
يرعى المجلس قضايا السلام والحوار مع الحركات المسلحة.
يعتمد تعيين حكام الأقاليم ( يتم ترشيحهم من الحكومة المدنية).
يعتمد الإتفاقيات التي توقعها الحكومة المدنية مع دول العالم.
يعتمد فقط ولا يتدخل في إختيار رئيس الحكومة المدنية الإنتقالية ورئيس المجلس التشريعي الإنتقالي.
يؤدي رئيس وزراء الحكومة المدنية القسم أمام مجلس السيادة.
تصدر قرارات مجلس السيادة بثلثي الأعضاء.
القوانين التي يجيزها المجلس التشريعي يتم تصديقها بواسطة مجلس السيادة وفي حالة التأخير تدخل حيز التنفيذ خلال 15 يوماً من تاريخ إجازتها.